一八六三年英國長老教會大會，聽其海外宣教會主席哈密爾敦的報告云：「在伯明漢總醫院服務的馬雅各醫生，業己接受擔任派往中國宣教師之一員」。一八六三年八月，馬雅各醫生隨杜嘉德牧師自英搭「波羅乃西號」（Polonaise）出發，繞過喜望峰，過印度洋，於十二月４日到達上海，參觀教會與醫院，見教會前輩宣教師之後，於一八六四年一月２日抵達廈門。在廈門時馬雅各醫生積極學習語言，同時參觀醫療傳道的工作。

　　一八六四年十月５日為了考察將來的宣教區，杜嘉德牧師、馬雅各醫生，由僕人吳文水及兩位廈門信徒陪同，搭德輪三桅帆船Chusan號抵打狗（高雄港）。就在其附近觀察一週，當然也看見一八五九年捲土重來的天主教在前金建堂的艱苦。步行到府域（台南府），在城裡住一週之後便回打狗，也到了埤頭（鳳山）住了一天。卅日返抵廈門。再經過半年多的籌備，於一八六五年五月，馬雅各醫生正式前往南府城了。

　一八六五年（清同治四年）五月２８日（禮拜日），30歲的馬雅各醫生和三位助手老僕吳文水（看守教會與醫館），漳州傳道陳子路、配藥師黃嘉智，由杜嘉德牧師陪伴下，自廈門搭輪船“META”號馳打狗（高雄港），從旗後上岸。六月１６日馬醫生在台南府城西門外看西街租屋，前面為拜禮堂，後面做為醫館開始醫療傳道，這也是英國長老教會在台灣設教的紀念日。

馬雅各醫生行醫不久，就受到當地百姓的反對，造謠說馬醫生是取人心肝、挖人眼睛去做藥，因此全城搖動。七月９日城民欲前往拆屋，老僕吳文水見勢不妙前往城中見縣令訴狀，於是縣令立刻親臨，諭旨安民，請馬醫生遷居，否則會引起更大的擾動。在不得已的情況下，馬醫生行醫傳道不及２４日便遷移到有英國領事保護的旗後，租三間房間做醫院與禮拜堂。繼續醫療與傳道的事工。

　　一八六八年三月中旬，馬醫生經由廈門及汕頭前往香港和他的未婚妻結婚。五月２日馬醫生夫婦自香港返回台灣。一八六八年十二月，馬醫生與吳文水重返台南府，典借了二老口街許厝的公館（現今啟聰學校博愛堂附近），部份充為住宅，餘為診所及病房。又在亭仔腳街租一棟房屋為福音及培育信徒之用。

　　一八七０年是馬雅各醫生任期最後的一年，雖然回到台南府城只有一年，但他所播福音的種子己廣佈南台灣。有許多患者得到馬雅各醫生醫治後到處宣揚，於是遠近馳名，求醫者越來越多，並將在醫館所聽到的福音，帶回鄉里傳揚，也就成為日後設立教會的種子。

　　一八七一年德馬太醫生（Dr. Dickson）來台灣接替馬雅各醫生的工作，使馬雅各醫生得以暫時休息。可是回國後的馬雅各醫生患背椎病休息十多年，於一八八四年重返台南府城住一年之久。不幸馬夫人生病，只好帶她回國，從此未再來台灣。一九一八年一月２３日馬雅各醫生失去了與他相隨五十年的馬醫生娘，安葬於Plaistow,st.Mary's墓園。

　　年老的馬雅各醫生喪失相依五十年的醫生娘之後越形孤單，終於在一九二一年三月６日蒙主恩召安息主懷，享壽８６歲。四天後適逢巴克禮博士回國休假，特為馬雅各醫生主持喪禮，並安葬於Plaistow,st.Mary's墓園，與馬醫生娘同穴。他育有二子，都是醫生，長子在中國大陸永春行醫，次子繼承父志來台灣在新樓醫院工作，也就是馬醫生二世（或稱年青的馬醫生）。

　
〔註〕有關馬雅各醫生詳細資料請參閱「台灣基督長老教會太平境馬雅各紀念教會九十年史」1988，黃茂卿，太平境馬雅各紀念教會出版。

(蔡利夫主任撰稿)