此兩種「溝仔底」與「太平境」的府城溝仔底拜堂、太平境禮拜堂混用了10多年之久，其後因太平境街發達，而太平境又比溝仔底好聽才漸定名為太平境禮拜堂。後來雖然咱有堂皇的「台南郡城堂會」或是領導性的「台南教會」之正式名稱，然太平境禮拜堂信徒們喜歡這個名稱就一直沿用至今。
1902年在太平境現址完成建堂時，英國母會特別贈碑紀念，將本會取名為 "Maxwell Memorial Church" 「馬雅各紀念教會」，是追念馬雅各醫生，即大英國長老教奉使來台倡首教士，於主降生壹千八百六十五年五月蒞任的教會，所以母會贈名馬雅各紀念教會來做英國長老教會帶真理來台的紀念。因為在台灣只有咱教會，才是英國長老教會台灣宣教之歷史見證教會。同時要咱教會永遠銘記，咱就是最先點起主救贖的光於台灣之教會，有使命護耀主榮光於台灣。
不管咱教會之名稱有什麼好聽堂皇之;府城，台南郡城、台南太平境教會;如缺少馬雅各紀念教會，特別是忘掉了馬雅各醫師來台宣教所包含之意義，及所受交託之使命時，只稱為太平境教會就變成一個古老的社區教會而已。確實全台灣基督長老教會中，只有咱教會有連綿不斷130多年之歷史。咱教會就是太平境馬雅各紀念教會，太平境教會只是其簡稱而已，只指地名的「太平境」三字可以拋棄，紀念馬雅各宣教的精神是永遠不可遺漏的。
願咱教會的兄弟姊妹，特別是後一代，切切認識咱教會在它正稱的「馬雅各紀念教會」中所包含意義。
〔註〕本資料摘自黃茂卿長老著「太平境馬雅各紀念教會九十年史」。